우주세기 0079, 지구에서 가장 먼 스페이스 콜로니인 사이드 3는 지온 공국을 자칭하며 지구 연방 정부에 독립전쟁을 선포한다. 당초 지온은 열세로 생각되었지만, 신형병기 MS(모빌슈트)의 실전투입에 의해 전황은 일변하여 전쟁은 교착상태에 빠진다.
개전후 8개월 정도 지났을 무렵, 중립지대인 사이드 7이 ‘붉은 혜성’ 샤아 아즈나블이 이끄는 지온군 MS 부대의 기습을 받고 전투에 휘말린다. 우연히 연방군이 극비리에 개발하고 있던 신형 MS ‘건담’에 탑승하여 이를 격파한 아무로 레이는, 그 공적에 의해 건담 파일럿으로서 강습양륙함 화이트베이스에 타게 된다. 격전과, 전우의 죽음, 그리고 사랑하는 사람과의 만남과 이별을 통해 아무로와 화이트베이스 승무원들은 점점 전사로 성장해간다.
그리고 지금 화이트베이스는 연방과 지온이 지상의 패권을 걸고 싸우는 오뎃사로 나아가는데...!!!